Как я могу найти несколько мотивов (подстрока) в последовательности белка (строка)?
Похоже, проблема совместимости с appium / селеном. найдите последнюю версию и попробуйте.
3 ответа
Вы можете просто использовать чередования (разделенные | ) последовательностей. Таким образом, каждая последовательность, которую может сопоставить механизм регулярных выражений, будет.
/($h{4}D$x{4}D|$x{1,4}A{1,2}$s{2})/
Затем вы можете проверить это соответствие, посмотрев на $ 1 .
Если вы хотите найти эти мотивы в определенном порядке, но, возможно, в некоторой степени разделенные, вы можете использовать что-то вроде:
/$h{4}D$x{4}D .* $s{4}D$q{4}/x
(/ x позволяет использовать пробелы в регулярном выражении,. * Соответствует нулю или больше символов)
вы ТОЛЬКО ищете подстроки? в этом случае пара регулярных выражений, вероятно, доставит вас туда, куда вам нужно. но такие проблемы имеют тенденцию быстро обостряться, скорее всего, в наборе проблем на следующей неделе. в последнем случае, и вам нужно будет провести сравнения, вам, вероятно, придется начать изучение алгоритмов динамического выравнивания, минимального расстояния редактирования, выравнивания по витерби, hmms и т.п.
также, если вы имеете дело с большие входные файлы, вы можете изучить предварительную компиляцию ваших регулярных выражений для хорошего увеличения скорости,