Почему “не может использовать объект в качестве параметра для метода”?

Если ответ не может существовать без пользователя, прежде всего вы должны найти пользователя. Если его нет, выведите ошибку, если она существует, просто создайте ответ, а затем прикрепите его к найденному пользователю.

User.findOne({email: req.email}, (error, foundUser)=>{
    if(error || foundUser === null){
        return res.status(400).json({status: false, message: 'user not found, or   whatever'})
    }
    RequestReply.create(newReply, (error, createdReply)=>{
        if(error || createdReply === null){
            return res.status(400).json({status: false, message: 'error getting data'})
        }
        // TODO Update user with the new reply  
    }
});

В любом случае, с Mongoose вы можете использовать обещания и избавляться от этих обратных вызовов, вложенных предложений, я думаю, что это чище.