измените порядок столбцов сетки данных или индекс

Опция с использованием базы R ave и data.table::rleid

library(data.table)
df$Consec_days <- with(df, (return > 3) * ave(return, rleid(return > 3), FUN = seq_along))


#     date       return Consec_days
#   <date>      <dbl>       <dbl>
# 1 2019-02-20    1             0
# 2 2019-02-21    2.5           0
# 3 2019-02-22    2             0
# 4 2019-02-23    3             0
# 5 2019-02-24    5             1
# 6 2019-02-25    6.5           2
# 7 2019-02-26    1             0
# 8 2019-02-27    9             1
# 9 2019-02-28    3             0
#10 2019-03-01    2             0

Используя rleid(return > 3), мы создаем группы, а затем используем seq_along и создаем последовательность наблюдений для каждой группы

Мы умножаем его на (return > 3), чтобы сохранить наблюдения, которые больше 3, а все остальные обращаются к 0.

Перевести его на dplyr мы можем сделать

library(dplyr)

df %>%
  group_by(group = rleid(return > 3)) %>%
  mutate(consec_days = (return > 3) * row_number()) %>%
  ungroup() %>%
  select(-group)