Я решил эту проблему много месяцев спустя, перейдя на совершенно новую среду. В частности, новая машина со свежей установкой Windows 8. Я также избегал установки пакета Comodo (я не знаю, что это вызывало проблему).
Таким образом, хотя это и не является прямым решением проблемы (все еще неясно, что ее вызвало), возможно, это могло бы послужить еще одним примером, когда обходной путь или боковое разрешение проблемы иногда является хорошим последним средством.
Я сам не смог привести столбцы в порядок, но с Rails вы можете откатиться, измените старый файл миграции, чтобы добавить новые столбцы в нужном вам порядке, затем повторно перенесите старую миграцию, включая новое поле. Это не совсем идеально, но возможность простого перехода и отката может работать, если у вас достаточно ОКР, чтобы требовать порядок столбцов. : P
Я не эксперт, но я прочитал много документации по Rails (и совсем недавно) и не могу припомнить, чтобы найти решение для этого.
Also see this question, with a possible solution: In a Rails Migration (MySQL), can you specify what position a new column should be?