Разрабатывание Проекта Развертывания Visual Studio (.vdproj) через командную строку

csproj уже содержит путь вывода, поэтому я не думаю, что вы можете изменить его с помощью параметра командной строки. Я предполагаю, что единственный способ - изменить csproj с помощью регулярного выражения, скажем, в командной строке perl -i .... * .csproj, а затем запустить MSBuild и снова вернуть изменения в csproj.