То, почему Visual Studio говорит мне, что у меня есть “компилятор, генерировало ссылки”, когда я пытаюсь переименовать метод?

Это связано с LINQ.

Компилятор C # будет генерировать вызовы метода с именем Join, когда вы используете ключевое слово «Join» в запросе LINQ. Обычно вызов разрешается в один из методов расширения LINQ. Однако, если вы определяете свой собственный метод с той же подписью, что и методы LINQ, компилятор будет использовать ваш. Цель предупреждения - сообщить вам, что если вы произведете дополнительный рефакторинг, вызовы методов, сгенерированные компилятором, не будут изменены.

Если вы не пытаетесь написать собственный поставщик LINQ, можно безопасно игнорировать ошибку.