Как заставить NLog писать в базу данных

Вы, кажется, запускаете его внутри IDE. По некоторым странным причинам, хотя классы JAXB включены в rt.jar JRE,

➜  lib jar tvf rt.jar| grep AnnotationReader
  4199 Fri Jan 29 15:35:18 PST 2016 com/sun/xml/internal/bind/v2/model/annotation/AbstractInlineAnnotationReaderImpl.class
  3140 Fri Jan 29 15:35:14 PST 2016 com/sun/xml/internal/bind/v2/model/annotation/AnnotationReader.class
   442 Fri Jan 29 15:35:14 PST 2016 com/sun/xml/internal/bind/v2/model/annotation/RuntimeAnnotationReader.class
  9846 Fri Jan 29 15:35:22 PST 2016 com/sun/xml/internal/bind/v2/model/annotation/RuntimeInlineAnnotationReader.class
  1217 Fri Jan 29 15:35:26 PST 2016 com/sun/xml/internal/ws/model/ReflectAnnotationReader$1.class
  1332 Fri Jan 29 15:35:26 PST 2016 com/sun/xml/internal/ws/model/ReflectAnnotationReader$2.class
  1278 Fri Jan 29 15:35:26 PST 2016 com/sun/xml/internal/ws/model/ReflectAnnotationReader$3.class
  1166 Fri Jan 29 15:35:26 PST 2016 com/sun/xml/internal/ws/model/ReflectAnnotationReader$4.class
  3563 Fri Jan 29 15:35:26 PST 2016 com/sun/xml/internal/ws/model/ReflectAnnotationReader.class

, они недоступны для вашего приложения во время выполнения.

Однако, если я запускаю приложение таким образом:

➜  target java -cp ./classes com.misc.common.ReadXMLFileJaxb
Book [firstName=null, lastName=Blo, age=33]

т.е. из командной строки, используя стандартную структуру Maven, он, кажется, запускается.

Я полагаю, что ваш book.xml несколько неправильный. Он содержит встроенный элемент person, а Book.java - нет. Вы можете исправить это.