На самом деле ОС способна балансировать нагрузку на ваши ядра / процессоры, но если вы хотите сделать это явно, используйте упомянутое через PInvoke . Вы передаете идентификатор потока (не управляемого!) И маску - битовый массив ядер.
Если вы (или ваша компания) можете потратить немного денег, сэкономьте много времени и купите элемент управления Infragistics.