вы также можете использовать

 START /WAIT NetFx20SP2_x86.exe

косая черта, чтобы указать, что это опция для команды запуска, а не целевой файл. чтобы увидеть больше этих опций, посмотрите здесь (я бы назвал это «косой чертой»)

Просто удалите строку START из вызова, например:

.\NetFx20SP2_x86.exe
Start .\setup.exe

Это заблокирует установку,

Хорошо, я оптимизировал ваш сценарий, вроде:

@echo off
rem Copy the configuration file
copy config.xml "%AppData%\DataLinks.xml"

rem Search for the CONFIG file, if this doesn't exist then the user doesn't have the .Net framework 2.0
if not exist "%windir%\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\CONFIG" (
    echo You currently do not have the Microsoft(c) .NET Framework 2.0 installed.
    echo This is required by the setup program for MyApplication.
    echo.
    echo The Microsoft(c) .NET Framework 2.0 will now be installed on you system.
    echo After completion setup will continue to install MyApplication on your system.
    echo.
    Start /w .\NetFx20SP2_x86.exe
)
Start /w .\setup.exe

1: Поскольку вы используете файл CONFIG только один раз для тестирования, использование переменной для него бесполезно. кроме того, знак "=" должен быть прикреплен к имени переменной, иначе вы создадите переменную с пробелом в нем. "set filename =" и "set filename =" - это разные вещи. Да, имя переменной может содержать несколько слов и пробелов, но с этим нужно быть очень осторожным, с этим может быть трудно справиться.

2: Я бы не рекомендовал использовать '::' в качестве комментария, извините, Камило, потому что это не работает в скобках. Он будет здесь, но если вы возьмете этот трек для всех своих пакетов, у вас может возникнуть проблема позже, и вы удивитесь, почему ваш код сломан, если вы этого не знаете.