Как заставить ссылки убежать из iframe, когда Вы только управляете iframe страницей (не обрамленные страницы)?

Простейшая реализация может состоять в том, чтобы каждый контроллер вида указывал, скрыта ли его панель навигации в его методе viewWillAppear:animated:. Тот же подход хорошо работает и для скрытия / отображения панели инструментов:

- (void)viewWillAppear:(BOOL)animated {
    [self.navigationController setToolbarHidden:YES/NO animated:animated];
    [super viewWillAppear:animated];
}