Как использовать файлы EPS в приложении Silverlight или WPF?

Это зависит от того, какой высоты вы хотите, чтобы ваш логотип был.

Высота <a> по умолчанию в панели навигации составляет 20 пикселей, поэтому если вы укажете height: 20px на своем логотипе, он будет хорошо выровнен.

Тем не менее, для логотипа это немного мало, поэтому я выбрал следующее:

<div class="navbar-header">
    <button type="button" class="navbar-toggle" data-toggle="collapse" 
            data-target=".navbar-ex1-collapse">
        <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
        <span class="icon-bar"></span>
        <span class="icon-bar"></span>
        <span class="icon-bar"></span>
    </button>
    <a class="navbar-brand" rel="home" href="#" title="Brand">
        <img style="height: 30px; margin-top: -5px;"
             src="/img/brand.png">
    </a>
</div>

Это делает изображение высотой 30px и выравнивает изображение по вертикали, добавляя отрицательный край сверху (5px это половина разницы между отступом и размером изображения).

В качестве альтернативы вы можете изменить отступ для элемента <a>, например:

<div class="navbar-header">
    <button type="button" class="navbar-toggle" data-toggle="collapse" 
            data-target=".navbar-ex1-collapse">
        <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
        <span class="icon-bar"></span>
        <span class="icon-bar"></span>
        <span class="icon-bar"></span>
    </button>
    <a class="navbar-brand" rel="home" href="#" title="Brand" style="padding-top: 10px; padding-bottom: 10px">
        <img style="height: 30px;"
             src="/img/transparent-white-logo.png">
    </a>
</div>