Я использовал JOpt и нашел его довольно удобным: http://jopt-simple.sourceforge.net/
первая полоса также предоставляет список приблизительно 8 дополнительных библиотек, проверьте их и выберите того что большинство исков Ваши потребности.
PDO, в отличие от функций mysql_ *, поддерживает ряд механизмов базы данных. Для этого ему нужна библиотека драйверов для каждого из них.
У вас установлено «ядро» PDO, но нет драйвера MySQL - просто установите его (называемый pdo_mysql), и все будет в порядке.
Ваш php. ini должен иметь один из них (windows или linux):
extension=php_pdo_mysql.dll
extension=php_pdo_mysql.so