Включайте папку в проект установки

Можно использовать:

System.getProperty("os.name")

P.S. Можно найти этот код полезным:

class ShowProperties {
    public static void main(String[] args) {
        System.getProperties().list(System.out);
    }
}

Все, что это делает, распечатывают все свойства, обеспеченные Вашими реализациями Java. Это даст Вам общее представление о том, что можно узнать о среде Java через свойства.:-)