Как использовать условия в функциях в WiX?

Вам нужно переместить ваше Condition в определение вашего компонента и использовать! (Состояние функции) вместо & (действие функции), чтобы она работала, когда вы пытаетесь добавить примеры, повторно запустив установку:

<Component Id="example1">
    <Condition>!feature1 = 3</Condition>
</Component>

<Component Id="example2">
    <Condition>!feature2 = 3</Condition>
</Component>

<Feature Id="feature1">
</Feature>

<Feature Id="feature2">
</Feature>

<Feature Id="examples">
    <ComponentRef Id="example1" />
    <ComponentRef Id="example2" />
</Feature>