Если планировщик выполнения говорит, что они - то же, они - то же. Используйте, какой бы ни каждый сделает Ваше намерение более очевидным - в этом случае, второе.
Используйте модуль random
: http://docs.python.org/library/random.html
import random
random.sample(set([1, 2, 3, 4, 5, 6]), 2)
Это образцы двух значений без замены (так что два значения различны).