Если Вы будете намереваться сделать это сами, необходимо будет реализовать размывающийся алгоритм . Но как говорит @jonni, использование существующего инструмента было бы намного легче?
Я считаю, что Netbeans запомнит, где был создан ваш последний проект, и использует его по умолчанию. Поэтому, если вы создаете проект и выбираете каталог, отличный от каталога по умолчанию, тогда этот каталог будет использоваться по умолчанию.
В Linux его можно изменить в каталоге конфигурации Netbeans: .netbeans / 6.8 / config / Preferences / org / netbeans / modules / projectui.properties