только CLI работает в соответствии с Ubuntu 13.10, потому что пакеты как libgtk2
или ia32-libs
больше не доступны.
Возможно, вы могли бы изменить программу, чтобы при желании считывать ее параметры из файла конфигурации, а также из командной строки (и затем возвращать копию этого файла конфигурации).
Я бы не рекомендовал проверять файл пользователя, потому что, как вы сказали, он предназначен для каждого пользователя. Если кто-то проверит ваш пользовательский файл "по умолчанию", а затем внесет какие-либо персональные изменения в конфигурацию, они будут отражены обратно в пользовательский файл и (скорее всего) будут отражены в системе управления версиями.
Если вы хотите, чтобы кто-то установил команду -строчные параметры для отладки, я бы настроил файл проекта, чтобы включить их - не включайте их в файл пользователя. (Это нормально, чтобы проверить файл .proj, и я обычно это делаю для своих командных проектов.)