Исключение области Android: java.lang.IllegalStateException: объект больше недействителен для работы. Удалился ли он другим потоком? [Дубликат]

Итак, вы вызываете adapter.notifyDataSetChanged(), поэтому никакой другой метод notify___ не нужен (изменение набора данных в любом случае отключает анимацию.)

В этом случае самый простой (и наиболее эффективный) способ делать что-то будет, чтобы использовать RealmResults напрямую, а не извлекать каждый элемент в ArrayList, который затем используется точно таким же образом.

Итак, это должно быть как

public static RealmResults<City> getStoredCities(){
        RealmQuery<City> query = getRealmInstance().where(City.class);
        return realm.where(City.class)
                        .findAllSorted("timestamp", Sort.DESCENDING);
}

И

public static void removeCity(City city){
        final String cityName = city.getCityName();
        realm.executeTransaction(new Realm.Transaction() {
            @Override
            public void execute(Realm realm) {
                RealmResults<City> result = realm.where(City.class).equalTo("cityName", cityName).findAll();
                result.deleteAllFromRealm();
            }
        });
}

И

builder.setPositiveButton(getString(R.string.ok), new DialogInterface.OnClickListener() {
    @Override
    public void onClick(DialogInterface dialogInterface, int i) {
        RealmHelper.removeCity(getItem(position));
    }
});

И

// dependency: compile 'io.realm:android-adapters:1.3.0' // <-- for Realm 3.x+, use 2.0.0
public class CityListAdapter extends RealmRecyclerViewAdapter<City, CityListViewHolder> { 

    OnItemClickListener onItemClickListener;
    OnItemLongClickListener onItemLongClickListener;

    public CityListAdapter(@NonNull Context context, 
                           @Nullable OrderedRealmCollection<City> data, 
                           OnItemClickListener onItemClickListener, 
                           OnItemLongClickListener onItemLongClickListener) {
        super(context, data, true);
        this.onItemClickListener = onItemClickListener;
        this.onItemLongClickListener = onItemLongClickListener;
    }


    @Override
    public CityListViewholder onCreateViewHolder(ViewGroup parent, int viewType) {
        View view = LayoutInflater.from(parent.getContext()).inflate(R.layout.city_item_navigation_viewholder, parent, false);
        CityListViewholder cityListViewholder = new CityListViewholder(view, parent.getContext());
        return cityListViewholder;
    }

    @Override
    public void onBindViewHolder(CityListViewholder holder, int position) {
        holder.cityName.setText(getItem(position).getCityName());
        holder.bindClick(position, onItemClickListener);
        holder.bindLongClick(position, onItemLongClickListener);
    }

    public static class CityListViewholder extends RecyclerView.ViewHolder {
        TextView cityName;
        ImageView cityIcon;

        public CityListViewholder(View itemView, 
                                  Context context) {
            super(itemView);
            cityName = (TextView)itemView.findViewById(R.id.city_name);
            cityIcon = (ImageView)itemView.findViewById(R.id.city_icon);
        }

        public void bindClick(final int position, final OnItemClickListener onItemClickListener){
            itemView.setOnClickListener(new View.OnClickListener() {
                @Override
                public void onClick(View view) {
                    onItemClickListener.onItemClick(position);
                }
            });
        }

        public void bindLongClick(final int position, final OnItemLongClickListener onItemLongClickListener) {
            itemView.setOnLongClickListener(new View.OnLongClickListener() {
                @Override
                public boolean onLongClick(View view) {
                    onItemLongClickListener.onItemLongClick(position);
                    return true;
                }
            });
        }
    }
}

Используя RealmRecyclerViewAdapter, вызывается notifyDataSetChanged() всякий раз, когда ваши результаты меняются.