Я рекомендую перенести их обоих во внешнее отделение с желаемым цветом фона.
Вы хотите установить переменную среды ACLOCAL_PATH.
ACLOCAL_PATH="/home/YOU/path/to/share/aclocal" autoreconf -if
Чтобы выяснить, в какой каталог вам нужно указать ACLOCAL_PATH, вам нужно будет найти каталог, содержащий файл .m4, который определяет AM_PATH_CPPUNIT.