Удостоверьтесь, что любые клиентские сценарии, которые Вы имеете, которые взаимодействуют с Ajax.NET, имеют следующую строку в конце:
if (typeof(Sys) !== 'undefined') Sys.Application.notifyScriptLoaded();
Это говорит менеджеру скриптов, что целый файл сценария загрузился и что это может начать называть клиентские методы
Дополнения "fire-bug" (для Mozilla) - лучший вариант для этого.