gcc/gcov может быть сделан произвести статистику покрытия к местоположению кроме исходной папки?

Вы можете использовать переменную среды GCOV_PREFIX . Это упомянуто в документе в разделе «перекрестное профилирование» , которое само упоминается в документации для -fprofile-arcs .