NSTextView с маркерами

Можно использовать subprocess.Popen . Существует несколько способов сделать это:

import subprocess
cmd = ['/run/myscript', '--arg', 'value']
p = subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE)
for line in p.stdout:
    print line
p.wait()
print p.returncode

Или, если Вы не заботитесь о том, что на самом деле делает внешняя программа:

cmd = ['/run/myscript', '--arg', 'value']
subprocess.Popen(cmd).wait()