Лучший способ проверить на внутреннее исключение?

Да:

if (ex.InnerException == null) {
    // then it's null
}

Иногда также InnerException имеет InnerException, поэтому вы можете использовать для него рекурсивную функцию:

public string GetInnerException(Exception ex)
{
     if (ex.InnerException != null)
     {
        return string.Format("{0} > {1} ", ex.InnerException.Message, GetInnerException(ex.InnerException));
     }
   return string.Empty;
}

Самое простое решение - использовать базовое условное выражение:

repEvent.InnerException = ex.InnerException == null ? 
    null : ex.InnerException.Message;

Забавно, я не могу найти ничего плохого в Exception.GetBaseException () ?

repEvent.InnerException = ex.GetBaseException().Message;

Пока отличные ответы. Аналогичным образом, но по-другому, иногда существует более одного уровня вложенных исключений. Если вы хотите получить изначально сгенерированное корневое исключение, независимо от его глубины, вы можете попробовать следующее:

public static class ExceptionExtensions
{
    public static Exception GetOriginalException(this Exception ex)
    {
        if (ex.InnerException == null) return ex;

        return ex.InnerException.GetOriginalException();
    }
}

И в использовании:

repEvent.InnerException = ex.GetOriginalException();