Мой первый опыт с отладчиком (на самом деле мягкий ICE) был... хорошо... вид трещины. Существует некоторое руководство по сети о том, как использовать отладчик для поиска событий и поведений программы обхода/изменения. Как только Вы приобрели основные навыки отладчика, можно взять любое простое приложение (или собственные приложения) и играть с ним.
(Это - только одно из руководств, о которых я говорил: http://www.woodmann.com/krobar/other/patch36.txt )
Чтобы использовать несколько экземпляров Netbeans, укажите другой - userdir
каталог для каждого экземпляра. Вероятно, лучше всего создать новый ярлык или сценарий для каждого экземпляра.