Если бы у Вас была потребность в дополнительной скорости, то было бы легко протестировать различное различные варианты. Так как Вы не тестируете их, Вам не должны быть нужны они. Не тратьте впустую свое время с бессмысленной микрооптимизацией!
Я написал краткое руководство по этому поводу, http://jwbs-blog.blogspot.com/2009/03/quickstart-guide-for-nhibernatesearch.html
I не имею ответа на второй вопрос. Есть книга по Hibernate, поищите, подумайте о прочтении этой книги. http://www.manning.com/bernard/
Есть ли способ как установить NHibernate: поиск метаданных в другом месте а не на объектах домена, использующих атрибуты (я не хочу ссылаться любые связанные с nhibernate вещи в моем Основной проект)?
Работаете над ним, подождите (надеюсь) день или два.
Обновление 1: Готово, патч отправлен в NHSearch JIRA.
Обновление 2: Теперь он находится в стволе svn ( обсуждение ).
Обновление 3: Добавлен небольшой пост о том, как создавать собственные сопоставления.