Старая тема, я знаю. Нашел проблему с кем-то, использующим PDO, и ответ заключался в том, чтобы использовать это для строки подключения PDO:
$pdo = new PDO(
'mysql:host=mysql.example.com;dbname=example_db',
"username",
"password",
array(PDO::MYSQL_ATTR_INIT_COMMAND => "SET NAMES utf8"));
Сайт, на котором я взял это, отключен, смог получить его с помощью кеша google.