Встройте pdb в блок

По умолчанию sqlite возвращает immediatly с заблокированной, занятой ошибкой, если база данных занята и заблокирована. Можно попросить его ожидать и продолжать пробовать некоторое время перед отказом. Это обычно решает проблему, если у Вас действительно нет 1000-х потоков, получающих доступ к Вашему дб, когда я соглашаюсь, что sqlite был бы несоответствующим.

    // set SQLite to wait and retry for up to 100ms if database locked
    sqlite3_busy_timeout( db, 100 );