Если это должно быть межплатформенным, я предлагаю 2 опции:
Действие 'добавить' имеет больше смысла с дополнительным:
parser.add_argument('-i', '--input',action='append')
parser.parse_args(['-i','fileone', '-a', '-i','filetwo', '-b', '-i','filethree'])
Вы можете перемежать опциональные объекты с отдельными позиционными позициями ('input1 -a input2 -b input3'), но вы не можете чередовать опциональные функции в пределах одного многопозиционный позиционный. Но вы можете сделать это с помощью двухэтапного анализа.
import argparse
parser1 = argparse.ArgumentParser()
parser1.add_argument('-a', action='store_true')
parser1.add_argument('-b', action='store_true')
parser2 = argparse.ArgumentParser()
parser2.add_argument('input', nargs='*')
ns, rest = parser1.parse_known_args(['fileone', '-a', 'filetwo', '-b', 'filethree'])
# Namespace(a=True, b=True), ['fileone', 'filetwo', 'filethree']
ns = parser2.parse_args(rest, ns)
# Namespace(a=True, b=True, input=['fileone', 'filetwo', 'filethree'])
http://bugs.python.org/issue14191 - это предложенный патч, который сделает это с помощью одного вызова:
parser.parse_intermixed_args(['fileone', '-a', 'filetwo', '-b', 'filethree'])