Сценарию позволяют работать, по умолчанию, для чего-то как 30 секунд. Можно использовать set_time_limit () функция для изменения этого. Кроме того, если Ваш пользователь должен будет загрузить большие файлы, необходимо будет изменить post_max_size и/или значения upload_max_filesize в файле php.ini.
кроме того, если Вы хотите просто расширить свой предел тайм-аута глобально, можно изменить макс. время выполнения в php.ini.
На вики проекта есть полное руководство по установке: http://www.emgu.com/wiki/index.php/Download_And_Installation . Есть также связанный вопрос по SO. Надеюсь, это поможет.
@Razzie прав. Я счел полезным включить эти библиотеки DLL в ваш проект сборки OpenCV с копией при сборке / изменении: cv110.dll, cvaux110.dll, cxcore110.dll, highgui110.dll, opencv_ffmpeg110.dll и ml110.dll.