Можно сохранить изображения в базе данных как блобы ( varbinary для mssql). Тем путем Вы не должны волноваться об устройстве хранения данных или структуре каталогов. Единственный недостаток - то, что Вы не можете легко просмотреть файлы, но это было бы твердо в сбалансированном дереве каталогов так или иначе.
Я работаю в компании, разрабатывающей такие системы. Мы успешно использовали устройства Futronic , как USB (FS80), так и Ethernet (FS84). Последние предоставляют средства для сравнения, но, на самом деле, они не очень хороши.
Мы использовали алгоритмы сопоставления от Sonda Technologies , они очень надежны и имеют хорошую производительность. Они предоставляют java API в стиле JNI.
Мы также использовали датчики Ethernet этой компании, они обладают лучшими возможностями для индикации (светодиодный или текстовый ЖК-дисплей и звук) и управления внешними устройствами.