Пул потоков всегда доступен в приложениях .NET, независимо от его типа.
Стоимость запуска потока из пула потоков через ThreadPool.QueueUserWorkItem
будет не более стоимости запуска собственного потока и может быть меньше.
Если вам просто нужно несколько потоков за короткий период, используйте пул потоков. Вот для чего это.
вот поток со множеством других мест, где может быть exe.
makecert.exe также устанавливается как часть Windows SDK. Например, он доступен в папке \ Program Files \ Microsoft SDKs \ Windows \ v7.0A \ bin для Windows 7.0A SDK.