Как Вы отображаете предупреждение JavaScript от PHP?

Вы можете echo Javascript в блоке в вашем PHP. Затем браузер выполнит его.

Так, например:

<?php
     echo "<script language='javascript'>alert('thanks!');</script>"; 
?>

Вам просто нужно вывести HTML / JS. Примерно так:

<?php
    if(isset($_POST['submit'])) {
        $to = "mjleppan@hotmail.com";
        $subject = "Form Tutorial";
        $name_field = $_POST['name'];
        $email_field = $_POST['email'];
        $message = $_POST['message'];

        $body = "From: $name_field\n E-Mail: $email_field\n Message:\n $message";

        mail($to, $subject, $body);
        echo "<script type=\"text/javascript\">alert('Thank you form is submitted');</script>";
    } else {
        echo "blarg!";
    }
?>

или:

<?php
    if(isset($_POST['submit'])) {
        $to = "mjleppan@hotmail.com";
        $subject = "Form Tutorial";
        $name_field = $_POST['name'];
        $email_field = $_POST['email'];
        $message = $_POST['message'];

        $body = "From: $name_field\n E-Mail: $email_field\n Message:\n $message";

        mail($to, $subject, $body);
?>
    <script type="text/javascript">alert('Thank you form is submitted.');</script>
<?php
    } else {
        echo "blarg!";
    }
?>

Однако похоже, что вы, возможно, не хотите перезагружать страницу между отправкой формы и предоставлением пользователю подтверждения. Для этого вам нужно отправить форму через AJAX. Рекомендую заглянуть в JQuery. Это упрощает .