Перемещение приложения от одной базы данных до другого не очень распространено, но рано или поздно можно работать над другим проектом с помощью различного RDBMS. Если Вы будете дома с PDO тогда то, по крайней мере, будет одна вещь меньше для изучения в той точке.
Кроме этого я нахожу API PDO немного более интуитивным, и это чувствует себя более действительно объектно-ориентированным. mysqli чувствует, что это - просто процедурный API, который был воплощен, если Вы знаете то, что я имею в виду. Короче говоря, я нахожу PDO легче работать с, но это, конечно, субъективно.
На что стоит обратить внимание: