Это зависит. Subclipse имеет превосходящую поддержку проверки проектов как проекты знатока - это - единственная причина, мы используем Subclipse. Кроме этого, я заметил subclipse ошибки с синхронизацией с SVN.
Подрывной намного лучше в обнаружении новых файлов для добавления к управлению версиями и также намного выше с объединяющимся кодом от ответвления, или даже синхронизирующий с SVN (меньше ошибок, и т.д.). Таким образом, действительно необходимо спросить себя, что оценивает Вас, хотят. Если бы Вы не используете знатока, я определенно пошел бы для Подрывного.
Вы также можете рассмотреть возможность установки параметров backupdir:
set backupdir=Z:\backups
Это заставляет vim хранить резервные копии в определенном месте, а не в текущем каталоге.