Мой Apache имел что-то вроде этого в httpd.conf. Просто измените настройки ErrorLog и CustomLog
<VirtualHost myvhost:80>
ServerAdmin webmaster@dummy-host.example.com
DocumentRoot /opt/web
ServerName myvhost
ErrorLog logs/myvhost-error_log
CustomLog logs/myvhost-access_log common
</VirtualHost>
К сожалению, кажется, что значения PHP_INI_PERDIR не могут быть изменены (только PHP_INI_USER может). Официальная информация с php.net об изменениях конфигурации PHP в Windows:
http://www.php.net/manual/en/configuration.changes.php#configuration.changes.windows