Subclipse не требует Mylyn, но сайт обновления включает плагин, который интегрирует Mylyn и Subclipse. Это предназначается для людей то использование Mylyn. В Вашем случае Вы хотели бы просто отменить выбор Mylyn в диалоговом окне обновления.
Subclipse также требует Подрывной деятельности 1.5 и соответствующая версия собственных библиотек JavaHL. Я записал запуск FAQ, чтобы помочь людям понять JavaHL и как получить его. См.: http://desktop-eclipse.open.collab.net/wiki/JavaHL
Может быть, вам тоже нужно установить extra_link_args
? extra_compile_args
используется при компиляции исходного кода, extra_link_args
при связывании результата.