Собственные правила Microsoft являются превосходной начальной точкой. Можно осуществить их с FxCop.
AFAIK, к сожалению, невозможно использовать частичные имена в разделе behaviorExtensions. Как ни странно, это только для раздела behaviorExtensions. Например, вы можете выполнить bindingElementExtensions без полного имени сборки. Похоже, что тот, кто написал эту реализацию раздела конфигурации, не допускал частичную загрузку имени там, где это делали другие. Я еще не проверял, исправлено ли это в .NET 4.
Вы думали об использовании WCF для Виндзора? Он автоматически связывает расширения с реализациями служб, когда они оба зарегистрированы в контейнере. Конечно, Windsor не требует полных имен сборок. Если вы не используете Windsor, я уверен, что вы могли бы довольно легко создать эквивалентную структуру для других контейнеров IoC.