Можно хотеть посмотреть на Peter Norvig" , Как Записать Орфографический корректор " статья.
Вам не нужно настраивать отображение для коллекций, только типы элементов. Так что просто:
Mapper.CreateMap<X, Y>();
Mapper.Map<X[], Collection<Y>>(objectToMap);
См. Здесь для получения дополнительной информации: http://automapper.codeplex.com/wikipage?title=Lists%20and%20Arrays&referringTitle=Home