var element = document.getElementById('element');
element.style.background = '#FF00AA';
Благодарите "Liko", просто добавьте комментарий к его ответу.
string jsFunc = "myFunc(" + MyBackValue + ")";
ScriptManager.RegisterStartupScript(this.Page, Page.GetType(), "myJsFn", jsFunc, true);
Добавленные одинарные кавычки ('
) к переменной, иначе это даст сообщение об ошибке:
string jsFunc = "myFunc('" + MyBackValue + "')";