Вы могли бы также смотреть на канал Java для блокировки части файла.
http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/nio/channels/FileChannel.html
Эта функция эти FileChannel
могла бы быть запуском
lock(long position, long size, boolean shared)
, вызов этого метода заблокируется, пока регион не сможет быть заблокирован