Я продолжил бы настраивать все; то, как дисковая подсистема, работает? Какова средняя дисковая длина очереди? Если ввод-вывод создает резервную копию, настоящей проблемой не могли бы быть эти два запроса, которые заходят в тупик, это мог бы быть другой запрос, который является сужением трубы система; Вы упомянули запрос, занимающий 20 секунд, который был настроен, там другие?
Внимание на сокращение продолжительных запросов, я буду держать пари, что проблемы мертвой блокировки исчезнут.
Компилятор автоматически объединит смежные строки:
#define ROOT_PATH "/home/david/"
#define INPUT_FILE_A ROOT_PATH "data/inputA.bin"
Или более общий:
#define INPUT_FILE_DETAIL(root,x) root #x
#define INPUT_FILE(x) INPUT_FILE_DETAIL(ROOT_PATH "data/", x)