Учитывая полный путь, проверьте, является ли путь подкаталогом какого-либо другого пути, или иначе

string path1 = "C:\test";
string path2 = "C:\test\abc";

var root = Path.GetFullPath(path1);
var secondDir = Path.GetFullPath(path2 + Path.AltDirectorySeparatorChar);

if (!secondDir.StartsWith(root))
{
}

Path.GetFullPath работает отлично с путями, как: C:\test\..\forbidden\