Codeplex использует свой собственный клиент для создания патчей. См.: http://www.codeplex.com/CodePlexClient/Wiki/View.aspx?title=HowToContribute&referringTitle=Home
по-видимому ./ config --prefix = / mydir
не удалось правильно установить с первого раза. Повторный запуск отказавшего apache make
может вызвать проблемы.
Вам необходимо сначала выполнить make clean
, а затем повторить попытку с правильным префиксом --prefix