Как мой сценарий оболочки может управлять размещением zenity окна?

Да, это определенно возможно при правильной помощи оконного менеджера. Например, с xmonad это была бы одна строка кода ...

Мой fvwm немного заржавел, но похоже, что что-то вроде:

Style "zenity" PositionPlacement -0 -0

в вашем fvwm2rc должно помочь.

EDIT: Обратите внимание на «zenity» в нижнем регистре, поскольку, согласно документации, он должен соответствовать не только заголовку окна, но и классу окна (который вы можете узнать с помощью утилиты «xprop»: запустите ее и укажите на соответствующее окно).

Согласно xprop, у окна zenity есть два интересных свойства:

1. У него есть _NET_WM_WINDOW_TYPE (ATOM) = _NET_WM_WINDOW_TYPE_DIALOG , что указывает на то, что это диалоговое окно
2. Оно имеет [111556_ WM_TRANSIENTDOW]: идентификатор окна # <здесь идентификатор окна> ,

Попробуйте Devilspie: http://burtonini.com/blog/computers/devilspie/