В проекте Установки VS, как я могу исключить зависимости проекта от MSI?

Мне это действительно зависит от того, что Вы делаете с ними, сколько пользователей/процессов нужен доступ к ним одновременно и т.д.

, я работаю с большими XML-файлами все время, но они - единственный процесс, импортируют объекты стиля, которые многопользовательский, или производительность не являются действительно потребностями.

ПОЭТОМУ действительно это - баланс.