Каковы конкретные различия между файлом setup.exe и .msi?

.msi-файлы - это файлы установщика Windows без среды выполнения установщика Windows, setup.exe может быть любой исполняемой программой (возможно, той, которая устанавливает что-то на ваш компьютер)

MSI - это, по сути, установщик от Microsoft, встроенный в Windows. Он связывает компоненты с функциями и содержит информацию об управлении установкой. Необязательно, чтобы этот файл содержал фактические файлы, необходимые пользователю, то есть прикладные программы, которые пользователь ожидает. MSI может содержать внутри себя другой файл setup.exe, который оборачивается MSI и фактически содержит файлы, необходимые пользователю.

Надеюсь, это развеет ваши сомнения.

An MSI is a Windows Installer database. Windows Installer (a service installed with Windows) uses this to install software on your system (i.e. copy files, set registry values, etc...).

A setup.exe may either be a bootstrapper or a non-msi installer. A non-msi installer will extract the installation resources from itself and manage their installation directly. A bootstrapper will contain an MSI instead of individual files. In this case, the setup.exe will call Windows Installer to install the MSI.

Some reasons you might want to use a setup.exe:

• Windows Installer only allows one MSI to be installing at a time. This means that it is difficult to have an MSI install other MSIs (e.g. dependencies like the .NET framework or C++ runtime). Since a setup.exe is not an MSI, it can be used to install several MSIs in sequence.
• You might want more precise control over how the installation is managed. An MSI has very specific rules about how it manages the installations, including installing, upgrading, and uninstalling. A setup.exe gives complete control over the software configuration process. This should only be done if you really need the extra control since it is a lot of work, and it can be tricky to get it right.