Я использовал Визуальный Pro Сборки в течение многих лет, Это довольно гладко и просто в использовании и начинает много стандартных операций (как те, Вы упомянули), встроил.
Просто замените этот
cls = (*env)->FindClass(env,"my.ClassABC");
на
cls = (*env)->FindClass(env,"my/ClassABC");
, и все будет в порядке.
Или попробуйте добавить
...
JavaVMOption options[3];
...
options[2].optionString = "-verbose:jni";
...