Мне, если Вы хотите пойти ACID стандарты, очень важно иметь внешние ключи для обеспечения ссылочной целостности.
Просто добавьте больше ярлыков
[Icons] Name: "{group}\MyApp (Console Mode)"; Filename: "{app}\MYPROG.EXE"; Parameters: "/console"