Как я уничтожаю все процессы в Mysql, “показывают processlist”?

Вам нужно убить их одного за другим, MySQL не имеет какой-либо массивной команды уничтожения. Вы можете написать сценарий на любом языке, например, в PHP вы можете использовать что-то вроде:

$result = mysql_query("SHOW FULL PROCESSLIST");
while ($row=mysql_fetch_array($result)) {
  $process_id=$row["Id"];
  if ($row["Time"] > 200 ) {
    $sql="KILL $process_id";
    mysql_query($sql);
  }
}