IMHO makefile.fpc - это в основном внутренний FPC. Я бы не стал использовать его для собственных проектов.
Идея состоит в том, что Makefile.fpc объединяется с шаблоном fpcmake.ini путем запуска "fpcmake -Tall -w" для создания файла GNU Makefile. Шаблон fpcmake.ini встроен в двоичный файл fpcmake.
Makefile.fpc - это файл, который имеет параметры для настройки шаблона (fpcmake.ini), но может также добавлять дополнительные цели (в формате make-файла).
Насколько мне известно, где-то в документации есть параграф о fpcmake, остальное обычно изучается на примерах, простом использовании в пакетах /, а более сложными примерами являются makefile.fpc верхнего уровня и те, что в компиляторе и rtl /